Το 2ο Πρότυπο Γυμνάσιο Αθηνών βρίσκεται στο κέντρο της πόλης της Αθήνας και λειτουργεί με βάση τα Αναλυτικά Προγράμματα Σπουδών του Υπουργείου Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού. Ο Σύλλογος των Διδασκόντων αποτελείται από 48 εκπαιδευτικούς όλων των προβλεπόμενων ειδικοτήτων και ο αριθμός των μαθητών/-τριών είναι 468. Οι μαθητές/-τριες προέρχονται από διαφορετικά κοινωνικοοικονομικά υπόβαθρα και μαθησιακά περιβάλλοντα.
Το σχολείο, όπως προδίδει και ο τίτλος του, διαφοροποιείται σε σχέση με την πλειονότητα των δημόσιων σχολείων καθότι έχει υιοθετήσει καινοτόμες πρακτικές και προσεγγίσεις. Μεταξύ αυτών περιλαμβάνονται διαθεματικές διδασκαλίες στην πλειονότητα των διδακτικών αντικειμένων.
Tο σχολείο έχει τη δυνατότητα να δημιουργεί νέο πρόγραμμα σπουδών σε συνεργασία με το Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο της Αθήνας και εφαρμόζει το πιλοτικό πρόγραμμα σπουδών σε επιμέρους γνωστικά αντικείμενα. Επίσης, οργανώνονται επιμορφωτικές συναντήσεις και ημερίδες σε συνεργασία με σχολικούς συμβούλους διαφόρων ειδικοτήτων, ενώ προβλέπονται δειγματικές διδασκαλίες για προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές σε συνεργασία με τμήματα του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου, τoυ Χαροκόπειου Πανεπιστημίου και άλλων Ανωτατων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων.
Το σχολείο εφαρμόζει τροποποιημένο Αναλυτικό Πρόγραμμα με στόχο την ολοκλήρωση της γλωσσομάθειας και της γλωσσικής καλλιέργειας, καθώς και του τεχνολογικού και οπτικού αλφαβητισμού. Επιπρόσθετα, τα δύο τελευταία χρόνια πραγματοποιείται συγκεκριμένος αριθμός δραστηριοτήτων “εκτός τάξης” που υλοποιούνται σε μουσεία και χώρους περιβαλλοντικού και πολιτιστικού ενδιαφέροντος, οι οποίες κατόπιν αξιολογούνται από τους μαθητές και τους διδάσκοντες και τα αποτελέσματά τους λαμβάνονται υπόψη για τον σχεδιασμό των δραστηριοτήτων της επόμενης χρονιάς. Τέλος, στο σχολείο μετά το πέρας του υποχρεωτικού διδακτικού ωραρίου λειτουργούν όμιλοι αριστείας και καινοτομίας στους οποίους οι μαθητές συμμετέχουν ανάλογα με τις κλίσεις και τα ενδιαφέροντα τους.